Dalam beberapa tahun kebelakangan ini, ABS-CBN turut berhadapan dengan kontroversi dan skandal melibatkan anak-anak syarikatnya dan rancangan terbitannya.

Insiden dan skandal Wowowee

Dua insiden besar yang melibatkan ABS-CBN telah melibatkan rancangan aneka persembahan rangkaian, Wowowee. Permintaan untuk tiket ke episod ulang tahun persembahan di Arena PhilSports pada tahun 2006 disebabkan rempuhan maut membunuh 76 orang.[38] Lebih setahun kemudian pada bulan Ogos 2007, persembahan dipertahankan dalam satu lagi skandal yang melibatkan kemungkinan permainan baru di acara itu sedang ditapis seperti yang dibuktikan oleh "berlaku akibat gangguan mekanikal" yang berlaku dalam episod,[39] yang berkembang lebih besar selepas pengacara Eat Bulaga! Joey de Leon dan pengacara Wowowee Willie Revillame mula bertukar-tukar serangan ke udara terhadap satu sama lain semasa rancangan bersaing mereka.[40] Kejadian itu kemudian membawa kepada siasatan oleh Jabatan Perdagangan dan Industri diketuai oleh senator Mar Roxas (yang secara berseloroh yang dicadangkan oleh Joey dalam ucapan beliau yang dibuat di Eat Bulaga! merujuk kepada skandal Hello Garci, menggelarkannya "Hello Pappy")[41]

Skandal penarafan AGB Nielsen TV

Pada akhir 2007, ABS-CBN menuduh AGB Nielsen Filipina mengganggu dengan penilaian semasa kaji selidik penilaian mereka 2007.[42][43] Pada 8 Januari 2008, mahkamah perbicaraan serantau Quezon City (RTC) membuka kes ABS-CBN terhadap AGB Nielsen berkata ia terlalu awal difailkan.

Writ Amparo

Pada 22 Januari 2008, Pengarah Asia Pasifik Jacqueline Park dari Persekutuan Wartawan Antarabangsa (IFJ) menyokong petisyen writ amparo difailkan oleh 11 pekerja ABS-CBN Broadcasting Corporation (diketuai oleh Ces Orena-Drilon) dengan Mahkamah Agung untuk membuat keputusan mengenai kesahihan penahanan wartawan mengenai kegagalan pemberontakan Semenanjung Manila. Ia menyatakan: "Kami menyokong pekerja daripada ABS-CBN dalam berdiri untuk hak-hak demokratik mereka untuk bekerja tanpa gangguan dan ugutan, terutamanya daripada pegawai-pegawai dan pihak berkuasa kerajaan." Sementara itu, Mahkamah Agung memerlukan responden memfailkan komen dengan petisyen amparo dalam tempoh 10 hari.

Selanjutnya, Harry Roque, peguam Kesatuan Wartawan Kebangsaan Filipina (NUJP) mengumumkan kenyataannya berhubung tuntutan mahkamah untuk injunksi dengan kerosakan (Perkara 33 Kod Awam Baru Filipina) terhadap Polis Kebangsaan Filipina, antara lain.